Meinst Du die CUTLIST?
Daran kann es bestimmt nicht liegen, weil die keinen Unterschied zwischen Video- und Audio-Stream macht.

In dem Fall – wenn die ungeschnittene Aufnahme durchgehend synchron ist – schneide diese Aufnahme einfach nochmal neu.

Gelegentlich kann mal das Schnittprogramm einen Fehler erzeugen. Ich hatte dies früher gelegentlich mit CutAssistant bei nicht defragmentierten Aufnahme-Dateien auf einer stark fragmentierten Partition. Dadurch kommt es zu Asynchronitäten im Schnittprozess, weil die Zugriffszeiten erheblich verzögert werden. Seit dem defragmentiere ich vor dem Schneiden immer und dieses Problem war beseitigt. Zusätzlich speichere ich Quell- und Ziel-Datei immer auf zwei verschiedenen HDD's, damit sich die Lese/Schreib-Prozesse nicht in die Quere geraten.
Ebenso können Hintergrund-Prozesse mit höherer Priorität hier eine verzögerte Verarbeitung verursachen. Achte mal im Task-Manager darauf.