Hallo HeX,
das klingt in der Tat merkwürdig. Das Problem konnte ich bei mir bisher nicht nachstellen. Starte mal die OTRVerwaltung3Plus mit -d also in etwa: ./bin/otrverwaltung -d > debuglog.txt
Vielleicht steht da was interessantes.
Wenn nicht bitte mal den ganzen debug output vom Programmstart mit: ./bin/otrverwaltung -d > debuglog.txt in eine Datei schreiben und auf pastebin/pastebox (https://paste.linuxlounge.net/#/) o.ä. kopieren und mir den Link zukommen lassen.
Kannst dann am Besten noch den Inhalt deiner conf Datei hinzufügen. Vielleicht lässt sich so der Fehler bestimmen.

Falls du dein Passwort nicht im Programm speicherst, musst du unter dem Eingabefeld die Checkbox aktivieren, damit du keine entsprechende Aufforderung beim Programmstart erhältst.