Das Schneiden ist zu 99% ein Kopiervorgang. Da hat die CPU nunmal nichts zu tun.
Eine Möglichkeit wäre es, eine schnelle SSD zu nutzen.
Alternativ sollte die Speicherung der fertigen Datei auf einer anderen Festplatte (nicht partition!) erfolgen als auf der, wo das Ausgangsmaterial liegt.
Serien schneide ich auf diese Weise (SSD -> schnelle Festplatte) in ca. 5 Sekunden, Filme in 10 Sekunden.
Ansonsten dürfte das Neukodieren der Schnittstellen vermutlich nur auf einem CPU-Kern laufen. Eine CPU mit möglichst hohem Takt und wenigen Kernen wäre also besser als Eine mit vielen Kernen und geringem Takt.