Es gibt hier 3 Programme die für das Schneiden der OTR-Dateien optimiert sind.
CutAssistant - wird ewig schon nicht mehr weiterentwickelt, ColdCut - auch schon lange nicht mehr, und das sehr aktiv enwickelte Cutana.
http://cutana.sourceforge.net/anleitung
Ignoriere in der Anleitung DivX und nutze einfach XviD.
Damit kannst du dann schnell schneiden, hast direkten Zugriff auf Schnittlisten und erhälst sauber geschnittene Dateien.