falls du die ungeschnittenen Dateien noch da hast, teste diese doch einmal. falls diese abspielbar sind, sind wahrscheinlich die Codec Einstellungen beim schneiden nicht korrekt. ich würde dir als Frontend für Virtauldub Cutana empfehlen. dazu gibt es auch eine sehr schöne Anleitung, welche Einstellungen vorzunehmen sind. diese könntest du auch erst mal in deinem Virtualdub testen.
du solltest auch einmal die Virtualdub version 1.7.8 probieren, neuere machen teilweise probleme.
http://cutana.sourceforge.net/anleitung/