ich besitze auch keine Apple-Produkte, meine aber mal gehört zu haben, das itunes mit avis wohl probleme macht und mp4 das format der wahl ist.
du könntest OTR-Lemminge probieren. Damit werden deine Dateien schnell in verschiedene Formate umgewandelt. mp4+aac müßte itunes schlucken, aber wie gesagt, ich hab da keine Praxiserfahrung.