AD kannst du unter Windows genauso ein Skript verfüttern wie in Linux. Voraussetzung ist aber das eine cutlist in das Scriptformat von AD gewandelt wird. Das erledigt unter Linux multicut, in Win ginge das mit einem Konverter, such mal nach Cutlist-Avidemux-Konverter, gab's mal als Java-Programm. Ob und wie multicut unter Windows mittels Cygwin laufen könnte weiß ich nicht und würde da doch eher eine der bestehenden Lösungen für M$ probieren.