Könnte das nicht auch ein Codec-Problem sein? Tritt zum Beispiel der Fehler nur bei HQ-Dateien auf?
Normalerweise dürfte der Ton bei einer synchronen Quelldatei nach der Konvertierung niemals asynchron werden; es ist ja gerade eine der Stärken des Programms, dass es Dir das Muxen und Demuxen etc. abnimmt....
Das Programm kann nur DVDs erzeugen.
Wenn Du unbedingt eine VCD erzeugen willst, was eigentlich heutzutage nur noch Sinn macht, wenn Du keinen DVD-Brenner hast, kannst Du das zum Beispiel mit Nero oder einer ganzen Zahl von Freeware-Tools machen.
Nero kann auch SVCDs erzeugen, dazu braucht es aber eine Datei im richtigen MPEG2 Format, wozu Du einen Encoder wie HCENC oder Quenc und noch etwas wikipedia-Wissen brauchst...
EDIT: DIKO (http://www.vmesquita.com/forum/index.php) kann IMHO auch SVCDs recht komfortabel erstellen. Leider ist es nicht ganz fehlerfrei, aber einen Versuch ist es auf jeden Fall wert!
Generell rate ich Dir aber eher zur Anschaffung eines DVD-Brenners als zur Erstellung einer (S)VCD.