Du gibst beim Decoder als Ausgabeordner /home/user/Downloads/OTR-Decoder an, dann wechselst du aber in /home/user/Downloads/OTR-Decodiert/ und rufst multicut auf. Vertippt oder ist das Absicht? Sollten doch die gleichen Ordner sein.
Was ich noch als Fallstrick mit meiner -newer-Konstruktion sehe, ist wenn das otrkey noch nicht fertig runtergeladen wäre. Oder sind in dem Ordner nur wirklich fertig geladene?